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- #146. miRNAs salivares como biomarcadores da Diabetes Mellitus tipo IIPublication . Martins, Alexandra; Santos, Luís Silva; Rosa, Nuno; Correia, MariaObjetivos: Estudar o potencial de miRNAs salivares como biomarcadores em DMT2, pela revisão sistemática da evidência disponível sobre alterações de expressão de miRNAs associadas a DMT2, e identificar os miRNAs que, por terem expressão alterada em DMT2 e terem já sido detetados na saliva, são candidatos promissores a utilização como biomarcadores salivares de DMT2. Materiais e métodos: Pesquisa sistemática nas bases de dados PubMed, Web of Science e Science Direct, para identificação de estudos em que os miRNAs tenham sido quantificados em pacientes com DMT2 e construção de uma base de dados com a anotação dos resultados desses artigos. Análise estatística dos resultados globais para verificar quais os miRNAs que podem configurar biomarcadores DMT2. Verificar dos miRNAs identificados se alguns foram já identificados em fluidos orais e/ou quais os que podem ser encontrados nestes fluidos. Resultados: Foram encontrados 776 artigos não duplicados que referem miRNAs como biomarcadores para DMT2, dos quais foram selecionados 115, sendo apenas 31 incluídos nos resultados. Da análise desses artigos, verificou‐se que 53 miRNAs foram encontrados como estando alterados em amostras de pacientes diabéticos vs. amostras de pacientes com tolerância normal à glicose, e 17 estão alterados quando se comparam pacientes com tolerância normal à glicose e tolerância alterada à glicose (pré‐diabéticos). Entre estes 2 grupos de comparações, há 12 miRNAs comuns em que 3 estão aumentados em DMT2, 2 estão diminuídos e 5 estão contrarregulados. Todos estes miRNAs encontram‐se na saliva, contudo o melhor candidato a biomarcador é o hsa‐miR‐375, porque está consistentemente alterado e tem uma alteração (fold change de 1,72). Conclusões: Estudos têm demonstrado que existem perfis específicos de microRNA em paciente com DMT2, em comparação com pacientes sem DMT2. Esta informação é relevante, pois os microRNA podem ser utilizados como biomarcadores para o diagnóstico e prognóstico, bem como potenciais alvos terapêuticos da DMT2. Por fim, existem alguns estudos, em que a amostra não é a saliva, que indicam o hsa‐miR‐375 como biomarcador da DMT2. Contudo, é necessário mais estudos de validação do hsa‐miR‐375 como biomarcador salivar na DMT2.
- #095 Avaliação da saúde oral e sua relação com o SalivaPrint – variação com idade e géneroPublication . André, Marta; Esteves, Eduardo; Correia, Bruna; Fernandes, Mónica; Rosa, Nuno
- Peri-implantitis- uncovering the molecular mechanisms by a bioinformatics approachPublication . Correia, André; Albino, Rafaela; Barros, Marlene; Rosa, Nuno
- An analysis of protein patterns present in the saliva of diabetic patients using pairwise relationship and hierarchical clusteringPublication . Soares, Airton; Esteves, Eduardo; Rosa, Nuno; Esteves, Ana Cristina; Lins, Anthony; Bastos-Filho, Carmelo J. A.Molecular diagnosis is based on the quantification of RNA, proteins, or metabolites whose concentration can be correlated to clinical situations. Usually, these molecules are not suitable for early diagnosis or to follow clinical evolution. Large-scale diagnosis using these types of molecules depends on cheap and preferably noninvasive strategies for screening. Saliva has been studied as a noninvasive, easily obtainable diagnosis fluid, and the presence of serum proteins in it enhances its use as a systemic health status monitoring tool. With a recently described automated capillary electrophoresis-based strategy that allows us to obtain a salivary total protein profile, it is possible to quantify and analyze patterns that may indicate disease presence or absence. The data of 19 persons with diabetes and 58 healthy donors obtained by capillary electrophoresis were transformed, treated, and grouped so that the structured values could be used to study individuals’ health state. After Pairwise Relationships and Hierarchical Clustering analysis were observed that amplitudes of protein peaks present in the saliva of these individuals could be used as differentiating parameters between healthy and unhealthy people. It indicates that these characteristics can serve as input for a future computational intelligence algorithm that will aid in the stratification of individuals that manifest changes in salivary proteins.
- SalivaPRINT Toolkit – protein profile evaluation and phenotype stratificationPublication . Cruz, Igor; Esteves, Eduardo; Fernandes, Mónica; Rosa, Nuno; Correia, Maria José; Arrais, Joel P.; Barros, MarleneThe value of the molecular information obtained from saliva is dependent on the use of in vitro and in silico techniques. The main proteins of saliva when separated by capillary electrophoresis enable the establishment of individual profiles with characteristic patterns reflecting each individual phenotype. Different physiological or pathological conditions may be identified by specific protein profiles. The association of each profile to the particular protein composition provides clues as to which biological processes are compromised in each situation. Patient stratification according to different phenotypes often within a particular disease spectrum is especially important for the management of individuals carrying multiple diseases and requiring personalized interventions. In this work we present the SalivaPRINT Toolkit, which enables the analysis of protein profile patterns and patient phenotyping. Additionally, the SalivaPRINT Toolkit allows the identification of molecular weight ranges altered in a particular condition and therefore potentially involved in the underlying dysregulated mechanisms. This tutorial introduces the use of the SalivaPRINT Toolkit command line interface (https://github.com/salivatec/SalivaPRINT) as an independent tool for electrophoretic protein profile evaluation. It provides a detailed overview of its functionalities, illustrated by the application to the analysis of profiles obtained from a healthy population versus a population affected with inflammatory conditions. Biological significance We present SalivaPRINT, which serves as a patient characterization tool to identify molecular weights related with particular conditions and, from there, find proteins, which may be involved in the underlying dysregulated cellular mechanisms. The proposed analysis strategy has the potential to boost personalized diagnosis. To our knowledge this is the first independent tool for electrophoretic protein profile evaluation and is crucial when a large number of complex electrophoretic profiles needs to be compared and classified.
- I-6. Oraloma da Diabetes Melitos tipo 1 e 2 - um estudo comparativoPublication . Brás, Vítor Daniel Moreira; Correia, Maria José; Rosa, Nuno das Neves; Barros, Marlene Tourais de
- #097. Presença de genes de resistência a antibióticos na cavidade oral: uma revisão sistemáticaPublication . Sousa, Sara; Martins, Jorge; Rosa, Nuno; Barros, Marlene; Correia, Maria JoséObjetivos: O uso excessivo e, muitas vezes, desnecessário de antibióticos pode originar a seleção de genes de resistência a antibióticos. Os biofilmes, especificamente os orais, são conglomerados bacterianos que potenciam a preservação dos genes de resistência a antibióticos. Além disso, há estudos que destacam a propagação dos genes de resistência a antibióticos para outros locais do organismo. Deste modo, é de extrema importância compreender quais são os genes de resistência a antibióticos na cavidade oral, como se pode fazer a sua determinação e estimar o seu impacto na ecologia da cavidade oral. Pretendeu‐se verificar: (i) quantos estudos foram realizados in vivo, em amostras com origem na cavidade oral; (ii) que métodos foram utilizados para a deteção dos genes de resistência a antibióticos; (iii) e quais os genes de resistência a antibióticos encontrados. Materiais e métodos: A revisão bibliográfica foi realizada na base de dados PubMed® do NCBI (19‐04‐2016), com a seguinte estratégia: acrescentou‐se sucessivamente cada grupo de palavras‐chave: pesquisa 1 – «antibiotic resistant bacteria» AND «oral biofilm» AND «saliva» AND «mouth»; pesquisa 2 – «antibiotic resistance» AND «oral biofilm» AND «saliva» AND «mouth». Foi obtido um total de 254 artigos científicos, analisados quanto à metodologia utilizada e respetivos resultados. Adicionaram‐se 20 artigos referenciados por um artigo da primeira pesquisa. Desse total de 274, foram excluídos os artigos com objetivo de testar terapias alternativas aos antibióticos, e estudos em Candida, ficando 135 artigos. Destes foram selecionados apenas os estudos realizados na cavidade oral, obtendo‐se 50 artigos, dos quais 30 referem a presença de genes de resistência a antibióticos. Resultados: Dos artigos selecionados a maioria utiliza exclusivamente técnicas de cultivo (46,7%), 6,7% usam a reação de polimerase em cadeia e 3,3% a versão quantitativa da reação da polimerase em cadeia. A título de exemplo, foram encontrados 18 genes de resistência a antibióticos ß‐lactâmicos, na cavidade oral. Conclusões: Dos poucos estudos focados na cavidade oral, verifica‐se a existência de genes de resistência a antibióticos no biofilme oral. É, deste modo, de extrema importância realizar estudos de quantificação de genes de resistência a antibióticos, de forma a conseguir avaliar o impacto no microbioma oral.
- Do proteoma salivar ao orolomaPublication . Rosa, Nuno Ricardo das Neves; Barros, Marlene Maria Tourais de; Oliveira, José LuisA cavidade oral humana é um ecossistema complexo onde factores do hospedeiro, microbianos e ambientais interagem num equilíbrio dinâmico que se reflecte no fluido que a envolve: a saliva. A compreensão da biologia da cavidade oral e dos distúrbios que a afectam (ou de doenças sistémicas que nela se reflectem) depende de ferramentas bioinformáticas que façam a compilação, a integração e a aplicação da informação gerada por técnicas de alto rendimento, como a proteómica, que se dedica à identificação de todas as proteínas expressas. Na última década foram determinados diversos proteomas da cavidade oral. No entanto, não existe um instrumento que permita compilar, integrar e interpretar os dados gerados. Neste sentido, este trabalho contribuiu para o desenvolvimento de uma ferramenta bioinformática que permite aos investigadores estudar a diversidade e variabilidade das proteínas que integram o proteoma oral, permitindo definir e caracterizar o oraloma (fisioma da cavidade oral). Este trabalho permitiu compilar os proteomas da cavidade oral publicados na última década e rever a informação relativa às proteínas identificadas, à luz do conhecimento actual. Este processo gerou uma grande quantidade de informação que obrigou à criação de uma base de dados para a armazenar, designada OralOme e de um portal web, designado OralCard, com funcionalidades que permitem ao utilizador pesquisar, integrar, interpretar e visualizar esses dados de forma relevante do ponto de vista biológico e clínico. O estudo das proteínas depositadas no OralOme contribuiu para a compreensão das funções moleculares das proteínas produzidas pelos vários sub-compartimentos da cavidade oral e, deste modo, para o esclarecimento do contributo de cada um deles para as funções da saliva. Neste trabalho foram, ainda, testadas as diversas funcionalidades do OralCard na análise de dados de proteómica da cavidade oral provenientes de amostras de saliva para desenvolver metodologias de análise capazes de esclarecer mecanismos moleculares envolvidos em diversas patologias e para identificar requisitos funcionais a implementar em actualizações futuras. As metodologias seguidas permitiram estudar a relação das proteínas salivares com os estados de saúde oral e sistémica e, consequentemente, salientar o potencial da saliva como fluido de diagnóstico. O desenvolvimento de ferramentas bioinformáticas como o OralCard é um importante contributo para o esclarecimento da biologia oral e para o desenho de estratégias que facilitem a identificação de biomarcadores a partir de amostras de saliva, contribuindo para o desenvolvimento de métodos de diagnóstico e de prognóstico mais eficientes e de terapêuticas mais eficazes.
- Protein quality assessment on saliva samples for biobanking purposesPublication . Rosa, Nuno; Marques, Jéssica; Esteves, Eduardo; Fernandes, Mónica; Mendes, Vera M.; Afonso, Ângela; Dias, Sérgio; Pereira, Joaquim Polido; Manadas, Bruno; Correia, Maria José; Barros, MarleneBiobank saliva sample quality depends on specific criteria applied to collection, processing, and storage. In spite of the growing interest in saliva as a diagnostic fluid, few biobanks currently store large collections of such samples. The development of a standard operating procedure (SOP) for saliva collection and quality control is fundamental for the establishment of a new saliva biobank, which stores samples to be made available to the saliva research community. Different collection methods were tested regarding total volume of protein obtained, protein content, and protein profiles, and the results were used to choose the best method for protein studies. Furthermore, the impact of the circadian variability and inter- and intraindividual differences, as well as the saliva sample stability at room temperature, were also evaluated. Considering our results, a sublingual cotton roll method for saliva collection proved to produce saliva with the best characteristics and should be applied in the morning, whenever possible. In addition, there is more variability in salivary proteins between individuals than in the same individual for a 5-month period. According to the electrophoretic protein profile, protein stability is guaranteed for 24 hours at room temperature and the protein degradation profile and protein identification were characterized. All this information was used to establish an SOP for saliva collection, processing, and storage in a biobank. We conclude that it is possible to collect saliva using an easy and inexpensive protocol, resulting in saliva samples for protein analysis with sufficient quality for biobanking purposes.
- # 10. Identificação na saliva de biomarcadores de suscetibilidade à cárie dentáriaPublication . Lourenço, Carolina; Rosa, Nuno; Correia, Maria; Barros, Maria