Browsing by Author "Barros, Marlene"
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- #097. Presença de genes de resistência a antibióticos na cavidade oral: uma revisão sistemáticaPublication . Sousa, Sara; Martins, Jorge; Rosa, Nuno; Barros, Marlene; Correia, Maria JoséObjetivos: O uso excessivo e, muitas vezes, desnecessário de antibióticos pode originar a seleção de genes de resistência a antibióticos. Os biofilmes, especificamente os orais, são conglomerados bacterianos que potenciam a preservação dos genes de resistência a antibióticos. Além disso, há estudos que destacam a propagação dos genes de resistência a antibióticos para outros locais do organismo. Deste modo, é de extrema importância compreender quais são os genes de resistência a antibióticos na cavidade oral, como se pode fazer a sua determinação e estimar o seu impacto na ecologia da cavidade oral. Pretendeu‐se verificar: (i) quantos estudos foram realizados in vivo, em amostras com origem na cavidade oral; (ii) que métodos foram utilizados para a deteção dos genes de resistência a antibióticos; (iii) e quais os genes de resistência a antibióticos encontrados. Materiais e métodos: A revisão bibliográfica foi realizada na base de dados PubMed® do NCBI (19‐04‐2016), com a seguinte estratégia: acrescentou‐se sucessivamente cada grupo de palavras‐chave: pesquisa 1 – «antibiotic resistant bacteria» AND «oral biofilm» AND «saliva» AND «mouth»; pesquisa 2 – «antibiotic resistance» AND «oral biofilm» AND «saliva» AND «mouth». Foi obtido um total de 254 artigos científicos, analisados quanto à metodologia utilizada e respetivos resultados. Adicionaram‐se 20 artigos referenciados por um artigo da primeira pesquisa. Desse total de 274, foram excluídos os artigos com objetivo de testar terapias alternativas aos antibióticos, e estudos em Candida, ficando 135 artigos. Destes foram selecionados apenas os estudos realizados na cavidade oral, obtendo‐se 50 artigos, dos quais 30 referem a presença de genes de resistência a antibióticos. Resultados: Dos artigos selecionados a maioria utiliza exclusivamente técnicas de cultivo (46,7%), 6,7% usam a reação de polimerase em cadeia e 3,3% a versão quantitativa da reação da polimerase em cadeia. A título de exemplo, foram encontrados 18 genes de resistência a antibióticos ß‐lactâmicos, na cavidade oral. Conclusões: Dos poucos estudos focados na cavidade oral, verifica‐se a existência de genes de resistência a antibióticos no biofilme oral. É, deste modo, de extrema importância realizar estudos de quantificação de genes de resistência a antibióticos, de forma a conseguir avaliar o impacto no microbioma oral.
- #107 Identificação molecular de espécies de Candida em lesões de estomatite protéticaPublication . Ribeiro, Adriana; Fernandes, Mónica; Esteves, Eduardo; Barros, Marlene; Veiga, Nélio; Correia, Maria JoséObjetivos: O fungo Candida é parte integrante do microbioma oral e geralmente estabelece uma relação comensal com o hospedeiro. No entanto, desequilíbrios no ecossistema oral podem levar à proliferação deste microrganismo levando a micoses orais. Os fatores de risco para o desenvolvimento de candidíases orais incluem a idade e a utilização de prótese, fatores que muitas vezes levam ao aparecimento de um tipo específico de micose oral designado por estomatite protética. Objetivos: Verificar, por métodos moleculares independentes de cultura, quais as espécies de Candida associadas a lesões compatíveis com estomatite protética. Materiais e métodos: Foram observados 177 participantes com mais de 60 anos. A observação clínica da cavidade oral foi seguida da recolha de uma amostra de saliva estimulada e zaragatoa de lesões suspeitas de estomatite protética. O DNA isolado foi analisado pela reação de polimerase em cadeia com primers específicos para 6 espécies de Candida: albicans, tropicalis, glabrata, parapsilopsis krusei e dublinensis. Resultados: Do total de indivíduos na amostra 47,5% usava prótese dentária e cerca de um terço destes (31%) apresentava lesões compatíveis com estomatite protética. A grande maioria das lesões (77%) estava colonizada com Candida e 65% das amostras apresentava mais que uma espécie. As espécies mais abundantes foram Candida tropicalis e albicans com 69% e 62% das amostras respetivamente. Conclusões: Foi possível verificar que na amostra analisada as lesões de estomatite protética são frequentes entre os utilizadores de próteses e que estas lesões são maioritariamente colonizadas por Candida albicans e C. tropicalis. Estes resultados podem ser relevantes no que concerne aos fatores de virulência presentes e terapêuticas a aplicar.
- #126 Peri‑implantite: biomarcadores e mecanismos molecularesPublication . Albino, Rafaela; Correia, André; Barros, Marlene; Rosa, Nuno
- #145. Proteoma oral humano: da saliva ao diagnóstico das doenças cardiovascularesPublication . Silva, Rafael; Pinho, Lilibetty; Barros, Marlene; Correia, Maria José; Rosa, Nuno
- # 39. Identificação de biomarcadores salivares de doença periodontal em pacientes com gengivitePublication . Serra, Beatriz Patrício; Esteves, Eduardo; Fernandes, Mónica; Rosa, Nuno; Barros, Marlene; Correia, Maria José
- An ecosystem within our mouthPublication . Correia, Maria J.; Rosa, Nuno; Arrais, Joel; Oliveira, José Luis; Barros, Marlene
- Bacterial resistance in the context of oral healthPublication . Ribeiro, Isabel; Rosa, Nuno; Barros, Marlene; Correia, Maria
- CanisOme - the protein signatures of Canis lupus familiaris diseasesPublication . Fernandes, Mónica; Rosa, Nuno; Esteves, Eduardo; Correia, Maria José; Arrais, Joel; Ribeiro, Paulo; Vala, Helena; Barros, MarleneAlthough the applications of Proteomics in Human Biomedicine have been explored for some time now, in animal and veterinary research, the potential of this resource has just started to be explored, especially when companion animal health is considered. In the last years, knowledge on the Canis lupus familiaris proteome has been accumulating in the literature and a resource compiling all this information and critically reviewing it was lacking. This article presents such a resource for the first time. CanisOme is a database of all proteins identified in Canis lupus familiaris tissues, either in health or in disease, annotated with information on the proteins present on the sample and on the donors. This database reunites information on 549 proteins, associated with 63 dog diseases and 33 dog breeds. Examples of how this information may be used to produce new hypothesis on disease mechanisms is presented both through the functional analysis of the proteins quantified in canine cutaneous mast cell tumors and through the study of the interactome of C. lupus familiaris and Leishmania infantum. Therefore, the usefulness of CanisOme for researchers looking for protein biomarkers in dogs and interested in a comprehensive analysis of disease mechanisms is demonstrated. Biological significance: This paper presents CanisOme, a database of proteomic studies with relevant protein annotation, allowing the enlightenment of disease mechanisms and the discovery of novel disease biomarkers for C. lupus familiaris. This knowledge is important not only for the improvement of animal health but also for the use of dogs as models for human health studies.
- Computational approach to predict inter-species oral protein-protein interactionsPublication . Coelho, Edgar D.; Arrais, Joel P.; Matos, Sérgio; Rosa, Nuno; Correia, Maria José; Barros, Marlene; Oliveira, José Luís
- Computational prediction of the human-microbial oral interactomePublication . Coelho, Edgar D.; Arrais, Joel P.; Matos, Sérgio; Pereira, Carlos; Rosa, Nuno; Correia, Maria J.; Barros, Marlene; Oliveira, José L.Background: The oral cavity is a complex ecosystem where human chemical compounds coexist with a particular microbiota. However, shifts in the normal composition of this microbiota may result in the onset of oral ailments, such as periodontitis and dental caries. In addition, it is known that the microbial colonization of the oral cavity is mediated by protein-protein interactions (PPIs) between the host and microorganisms. Nevertheless, this kind of PPIs is still largely undisclosed. To elucidate these interactions, we have created a computational prediction method that allows us to obtain a first model of the Human-Microbial oral interactome.Results: We collected high-quality experimental PPIs from five major human databases. The obtained PPIs were used to create our positive dataset and, indirectly, our negative dataset. The positive and negative datasets were merged and used for training and validation of a naïve Bayes classifier. For the final prediction model, we used an ensemble methodology combining five distinct PPI prediction techniques, namely: literature mining, primary protein sequences, orthologous profiles, biological process similarity, and domain interactions. Performance evaluation of our method revealed an area under the ROC-curve (AUC) value greater than 0.926, supporting our primary hypothesis, as no single set of features reached an AUC greater than 0.877. After subjecting our dataset to the prediction model, the classified result was filtered for very high confidence PPIs (probability ≥ 1-10-7), leading to a set of 46,579 PPIs to be further explored.Conclusions: We believe this dataset holds not only important pathways involved in the onset of infectious oral diseases, but also potential drug-targets and biomarkers. The dataset used for training and validation, the predictions obtained and the network final network are available at http://bioinformatics.ua.pt/software/oralint.