Publication
Isolation and characterisation of novel bacteriophages for clostridium difficile
| datacite.subject.fos | Ciências Naturais::Ciências Biológicas | pt_PT |
| dc.contributor.advisor | Minton, Nigel P. | |
| dc.contributor.advisor | Whittle, Michaella | |
| dc.contributor.advisor | Teixeira, Paula | |
| dc.contributor.author | Lopes, Maria Beatriz Afonso Sequeira | |
| dc.date.accessioned | 2021-05-27T10:49:43Z | |
| dc.date.available | 2021-05-27T10:49:43Z | |
| dc.date.issued | 2020-10-27 | |
| dc.date.submitted | 2020 | |
| dc.description.abstract | Clostridium difficile é um patogénico muito importante e a maior causa de diarreia infeciosa na Europa e na América do Norte. O ribótipo mais comum em humanos é o 027 e nos animais, nomeadamente em porcos, é o 078. A infeção por C. difficile tem vindo a aumentar por todo o mundo, assim como o número de isolados resistentes a antibióticos. Em algumas pessoas, C. difficile pertence à microbiota normal do intestino. Contudo, pode tornar-se oportunista quando a comunidade microbiana é suprimida pela toma de antibióticos como clindamicina, cefalosporinas, penincilina e fluoroquinolonas. Para além disso, os esporos produzidos por estas bactérias conseguem resistir à terapia por antibióticos e germinar. Isto suporta a necessidade de criar terapias alternativas. Bacteriófagos (fagos) são vírus que infetam bactérias. A terapia fágica é uma potencial alternativa à convencional antibioterapia. Esta terapia é mais específica do que outros tratamentos usados atualmente, uma vez que os fagos só afetam a bactéria alvo. Isto reduz as probabilidades de efeitos laterais. A manipulação do genoma destes vírus é outra vantagem para o uso desta terapia. Além do mais, a investigação de fagos é mais rápida e barata do que outras terapias recomendadas para a infeção por C. difficile. Este estudo teve como objetivo o isolamento de bacteriófagos que infetem estirpes de C. difficile dos ribótipos mais comumente isolados nomeadamente, 023, 027 e 078. Três fagos ΦCD24-01, ΦCD78-01 e ΦCDL11 foram isolados e propagados em amostras ambientais recolhidas em três países Europeus, Polónia, Portugal e Reino Unido. O fago ΦCD24-01 foi isolado usando C. difficile ribótipo 023 e a caracterização taxonómica mostrou que pertence à família Siphoviridae. Os outros dois fagos ΦCD78-01 e ΦCDL11 foram isolados usando células hospedeiras dos ribótipos 023 e 027, respetivamente. A avaliação do desempenho lítico do fago anteriormente reportado, ΦCD1801, confirmou a ampla infeção das estirpes de 078, suportando o uso deste para controlo de C. difficile do ribótipo 078. Os fagos reportados neste estudo podem ser boas alternativas quando usados em cocktail fágico com alvo nos principais ribótipos de C. difficile que afeta porcos e humanos. | pt_PT |
| dc.description.abstract | Clostridium difficile is a very important nosocomial pathogen and it is the most common cause of infectious diarrhea in Europe and North America. The most common PCR ribotype found in humans is the 027 and in animals, namely in pigs, the 078. Clostridium difficile infection (CDI) has been increasing worldwide as well as the number of antibiotic resistant isolates. In some people C. difficile belongs to the normal gut microbiota, although becomes opportunist when the microbial community is suppressed by taking some antibiotics such as clindamycin, cephalosporins, penicillin, and fluoroquinolones. Furthermore, the spores produced by these bacteria can resist antibiotic therapy and germinate. This supports the need of coming up with alternative therapies. Bacteriophages (phages) are viruses which infect bacteria and phage therapy is a potential alternative to conventional antibiotherapy. They are more specific than the other treatments currently used since they only affect the target bacteria. This reduces the probability of side effects. The genome manipulation of these viruses is another advantage for the use of this type of therapy. In addition, the phage research is more rapid and cheaper than the other therapies recommend for CDI. This study aimed at isolating bacteriophages targeting C. difficile strains from the most commonly isolated PCR ribotypes namely 023, 027 and 078. Three phages, ΦCD24-01, ΦCD78-01 and ΦCDL11 were isolated and propagated from environmental samples collected in three European countries, Poland, Portugal and The United Kingdom. The phage ΦCD24-01 was isolated using a C. difficile ribotype 023 and its taxonomic characterisation showed that it belongs to the Siphoviridae family. The other two phages ΦCD78-01 and ΦCDL11 were isolated using a 023 and a 027 host cell, respectively. The lytic performance evaluation of a previously reported phage, ΦCD1801, confirmed its wide infection of 078 strains supporting its use for the control of important C. difficile ribotype 078 isolates. Phages reported in this study may be good alternatives when employed as a phage cocktail targeting the main C. difficile PCR ribotype affecting pigs and humans. | pt_PT |
| dc.identifier.tid | 202653099 | pt_PT |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10400.14/33315 | |
| dc.language.iso | eng | pt_PT |
| dc.subject | Clostridium difficile | pt_PT |
| dc.subject | Bacteriófagos | pt_PT |
| dc.subject | Amostras ambientais | pt_PT |
| dc.subject | Bacteriophages | pt_PT |
| dc.subject | Environmental samples | pt_PT |
| dc.title | Isolation and characterisation of novel bacteriophages for clostridium difficile | pt_PT |
| dc.type | master thesis | |
| dspace.entity.type | Publication | |
| rcaap.rights | restrictedAccess | pt_PT |
| rcaap.type | masterThesis | pt_PT |
| thesis.degree.name | Mestrado em Microbiologia Aplicada | pt_PT |
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