A carregar...
Publicação
Pseudomonadota on human skin : effects of antimicrobial agents
| Nome: | Descrição: | Tamanho: | Formato: | |
|---|---|---|---|---|
| 4.84 MB | Adobe PDF |
Autores
Orientador(es)
Resumo(s)
Pseudomonadota are recognized as important harbours of antibiotic resistance, and some of them are also ubiquitous bacteria able to survive in multiple environments. The aim of this study was to understand if bacteria of the phylum Pseudomonadota that are common colonizers of a healthy human skin may be carriers of antibiotic resistance, and if their survival may be affected by the use of cosmetics or antimicrobial agents and if carbapenems resistance among Acinetobacter species is affected by phylogenomics. To answer this question, it was first done an analysis of the human healthy skin bacterial diversity based on metagenomic data available in public databases, and identified the most common Pseudomonadota genera and species. From this analysis, was identified the genus Acinetobacter as one of the most frequent in human skin, namely the species Acinetobacter johnsonii, Acinetobacter lwoffii and Acinetobacter junii. The genomes of those three species were collected from public databases (n=232) and compared in terms of antibiotic resistance and virulence profiles, aiming to understand if the resistance/virulence profiles were determined by the species or if other factors, such as the phylogeny or the strains origin (clinical, clinical associated, and environmental) may interfere. Based on this genome’s comparison it was possible to conclude that they are important carriers of antibiotic resistance genes. The strains from environmental origin presented a higher diversity of resistance genes, while the strains from clinical origin have poorer profiles of resistance but higher abundance. The blaNDM positive genomes (n=23) were processed to understand the genomic environment of the carbapenemase gene and if it varies according to the species or the strain origin. It was observed that the blaNDM gene was mainly associated to mobile genetic elements, namely the IS66 family, and associated with other genes of resistance (e.g. aminoglycosides, macrolides). Some Acinetobacter isolates in the laboratory culture collection, all from environmental origin, were tested for their tolerance to antiseptics (hydrogen peroxide, iodine, bleach, water) and cosmetics, using the disk diffusion method. For these isolates it was not possible to infer any correlation between the antibiotic resistance profile and the tolerance to cosmetic compounds, but it was observed some variance between strains in the tolerance to hydrogen peroxide. In the future, it would be interesting to extend these tests to strains from different origins (e.g. skin isolates) and test higher concentration of the cosmetics.
Pseudomonadota são reconhecidos como importantes portos de resistência aos antibióticos, e algumas delas também são bactérias ubíquas capazes de sobreviver em múltiplos ambientes. Objetivos- compreender se bactérias do filo Pseudomonadota, que são colonizadores comuns de uma pele humana saudável, podem ser portadoras de resistência a antibióticos e se a sua sobrevivência pode ser afetada pelo uso de cosméticos ou agentes antimicrobianos e a resistência a carbapenemos entre espécies de Acinetobacter é afetada pela filogenómica. Para responder a esta questão, foi realizada uma análise da diversidade bacteriana da pele humana saudável com base em dados metagenómicos disponíveis em bases de dados públicas, e identificado os géneros e espécies mais comuns de Pseudomonadota. Dessa análise, identificou-se o género Acinetobacter como um dos mais frequentes na pele humana, a saber, as espécies Acinetobacter johnsonii, Acinetobacter lwoffii e Acinetobacter junii. Os genomas dessas três espécies foram recolhidos de bases de dados públicas (n=232) e comparados em termos de perfis de resistência a antibióticos e virulência, visando entender se os perfis de resistência/virulência são determinados pela espécie ou por outros fatores, como a filogenia ou a origem dos isolados (clínica, clinicamente associada e ambiental) podem interferir. Com base na comparação de genomas foi possível concluir que são importantes portadores de genes de resistência a antibióticos. Os isolados de origem ambiental apresentaram maior diversidade de genes de resistência, enquanto os isolados de origem clínica apresentam menores perfis de resistência, mas maior abundância. Os genomas blaNDM positivos (n=23) foram processados para compreender o ambiente genómico do gene da carbapenemase e se ele varia de acordo com a espécie ou a origem da estirpe. Foi observado que o gene blaNDM estava associado principalmente a elementos genéticos móveis, nomeadamente a família IS66, e associado a outros genes de resistência (p.e. aminoglicosideos, macrólidos). Alguns isolados de Acinetobacter da coleção de culturas do laboratório, todos de origem ambiental, foram testados quanto à sua tolerância a antissépticos (peróxido de hidrogénio, iodo, lixivia) e cosméticos, utilizando o método de difusão em disco. Para esses isolados não foi possível inferir qualquer correlação entre o perfil de resistência aos antibióticos e a tolerância aos compostos cosméticos, mas observou-se alguma variância entre as estirpes na tolerância ao peróxido de hidrogénio. No futuro, seria interessante estender estes testes a isolados de diferentes origens (p. e., isolados cutâneos) e testar concentrações mais elevadas dos cosméticos.
Pseudomonadota são reconhecidos como importantes portos de resistência aos antibióticos, e algumas delas também são bactérias ubíquas capazes de sobreviver em múltiplos ambientes. Objetivos- compreender se bactérias do filo Pseudomonadota, que são colonizadores comuns de uma pele humana saudável, podem ser portadoras de resistência a antibióticos e se a sua sobrevivência pode ser afetada pelo uso de cosméticos ou agentes antimicrobianos e a resistência a carbapenemos entre espécies de Acinetobacter é afetada pela filogenómica. Para responder a esta questão, foi realizada uma análise da diversidade bacteriana da pele humana saudável com base em dados metagenómicos disponíveis em bases de dados públicas, e identificado os géneros e espécies mais comuns de Pseudomonadota. Dessa análise, identificou-se o género Acinetobacter como um dos mais frequentes na pele humana, a saber, as espécies Acinetobacter johnsonii, Acinetobacter lwoffii e Acinetobacter junii. Os genomas dessas três espécies foram recolhidos de bases de dados públicas (n=232) e comparados em termos de perfis de resistência a antibióticos e virulência, visando entender se os perfis de resistência/virulência são determinados pela espécie ou por outros fatores, como a filogenia ou a origem dos isolados (clínica, clinicamente associada e ambiental) podem interferir. Com base na comparação de genomas foi possível concluir que são importantes portadores de genes de resistência a antibióticos. Os isolados de origem ambiental apresentaram maior diversidade de genes de resistência, enquanto os isolados de origem clínica apresentam menores perfis de resistência, mas maior abundância. Os genomas blaNDM positivos (n=23) foram processados para compreender o ambiente genómico do gene da carbapenemase e se ele varia de acordo com a espécie ou a origem da estirpe. Foi observado que o gene blaNDM estava associado principalmente a elementos genéticos móveis, nomeadamente a família IS66, e associado a outros genes de resistência (p.e. aminoglicosideos, macrólidos). Alguns isolados de Acinetobacter da coleção de culturas do laboratório, todos de origem ambiental, foram testados quanto à sua tolerância a antissépticos (peróxido de hidrogénio, iodo, lixivia) e cosméticos, utilizando o método de difusão em disco. Para esses isolados não foi possível inferir qualquer correlação entre o perfil de resistência aos antibióticos e a tolerância aos compostos cosméticos, mas observou-se alguma variância entre as estirpes na tolerância ao peróxido de hidrogénio. No futuro, seria interessante estender estes testes a isolados de diferentes origens (p. e., isolados cutâneos) e testar concentrações mais elevadas dos cosméticos.
Descrição
Palavras-chave
Origin Species Carbapenems resistance Filogenomics Phenotypic Origem Espécie Resistência aos cabapenemos Filogenómica Fenotípica
Contexto Educativo
Citação
Editora
Licença CC
Sem licença CC