Utilize este identificador para referenciar este registo: http://hdl.handle.net/10400.14/16250
Título: Interactómica da cavidade oral em doença periodontal
Autor: Barros, Mafalda Ribeiro Cardoso de
Orientador: Rosa, Nuno
Correia, Maria José
Palavras-chave: Proteins of the oral cavity
OralOme
protein-protein interactions
interatomic
periodontal disease
Data de Defesa: 9-Set-2014
Resumo: Introdução: A proteómica é a área da biotecnologia que estuda o conjunto de proteínas de uma amostra biológica, particularmente as suas estruturas e funções. Na cavidade oral podemos assinalar uma grande variedade de proteínas humanas que na doença periodontal podem estar alteradas pela interação com as proteínas produzidas pelos microrganismos presentes na patologia. As ferramentas bioinformáticas têm um papel muito importante no fornecimentos e análise de dados que permitem estabelecer o interactoma das proteínas entre o hospedeiro-microbiota. Objectivo: Analisar in silico os dados obtidos através de ferramentas bioinformáticas; Estabelecer o interactoma oral em periodontite crónica; Identificar os processos biológicos alterados no hóspedeiro, ao nivel do proteoma oral, pela presença de microrganismos; Identificar proteínas-chave envolvidas na doença periodontal; Materiais e Métodos: Foram utilizadas ferramentas informáticas, tais como o OralCard, Oralint e Cytoscape. Através do OralCard foi possível a obtenção das listagens das proteínas humanas e microbianas presentes na cavidade oral em periodontite crónica. Para verificar as interações entre as proteínas humanas e microbianas foi utilizado o Oralint, sendo que com o Cytoscape verificou-se com detalhe essa interação através da respresntação da rede complexa de interações entre as proteínas. A interpretação funcional das interações determinadas foi feita com o auxílio da ferramenta AgBase de onde foi retirada a anotação das proteínas. Resultados e Discussão: Das 1071 proteínas catalogadas no OralCard, 1039 são humanas e 31 são microbianas. Foram selecionados os dois processos biológicos mais relevantes para a doença, designadamente Organização da matriz extracelular e Funcionamento do sistema imunitário, o que nos reduziu a amostra para 50 proteínas humanas e 7 microbianas. A maior parte das proteínas humanas apresentou regulação positiva que, através da interacção, poderão contribuir para a progressão da doença, para o controlo da infecção ou para restabelecer o equilíbrio no hospedeiro Conclusões e Trabalhos futuros: Com a presente dissertação, conseguiu-se identificar um conjunto de proteínas que poderão ser importantes para o desenvolvimento e o controlo da periodontite crónica. No futuro serão necessários mais estudos efetivos que clarifiquem melhor as funções de cada proteína e que as relacionem diretamente com a patologia.
Introduction: Proteomics is the field of biotechnology that analysis the entire set of proteins of a biological sample, particularly their structures and functions. In the oral cavity there are a wide variety of human proteins, which in the case of periodontal disese may be altered due to the interaction with the pathogen-produced proteins. Bioinformatic tools have an important role in providing and analysing data that allow the establishment of the host-microbe interactome. Objective: In silico analysis through bioinformatic tools; Establishment of the interactome during cronic peridonditis; Identification of the alterations in biological processes of the host oral cavity induced by the presence of microorganisms; Identication os key-proteins involved in periodontal disease. Materials and Methods: Three bioinformnatic tools were used: OralCard, Oralint and Cytoscape. OralCard was used to list human and microbial proteins present in the oral cavity of patients with cronic periodonditis. Oralint was used to verify protein-protein interactions and Cytoscape to represent the complex network of interactions. Functional annotation was performed with AgBase. Results and Discussion: A total of 1071 proteins were catalogued in the OralCard. From these, 1039 were human and 31 microbial. The two most relevant biological processes selected were: Extracellular matrix organization and Immune system process, thus reducing the sample number to 50 human and 7 microbial proteins. The majority of the human proteins was up-regulated and, through the interaction, may contribute do disease progression, infection control or for the re-establishment of the host equilibrium. Conclusions and Future Works: In this study a set of proteins was identified which might be important for the development and control of cronic periodonditis. More effective studies will be needed in the future to better clarify the function of each protein during the pathology.
URI: http://hdl.handle.net/10400.14/16250
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